COVID-19 en réanimation : un risque accru d’aspergillose invasive

Les patients présentant une infection sévère à SARS-CoV-2 semblent également à haut risque d’infections fongiques invasives. En effet, sont associées à la COVID-19 des lésions épithéliales pulmonaires, une lymphopénie, une dysfonction cellulaire T et l'administration d'antibiothérapies à large spectre, dexaméthasone et thérapies immunosuppressives. Or, seuls des case reports et études de cohorte de faibles effectifs ont jusqu’alors été publiés et une prévalence variable d'infections fongiques invasives a été signalée. Qu’en est-il réellement chez ces patients justifiant d’une réanimation et d’un support ventilatoire mécanique ?

L’objectif de l’étude MYCOVID publiée dans The Lancet était d’évaluer la prévalence et les facteurs de risque d'infections fongiques invasives ainsi que la mortalité associée, chez des patients bénéficiant d’une ventilation mécanique pour une pneumopathie à SARS-CoV-2 avec syndrome de détresse respiratoire aigüe sévère. Il s’agit d’une étude française, de cohorte et multicentrique incluant 18 centres de réanimation.

Le critère de jugement principal était la prévalence des infections fongiques invasives. Tous les patients intubés avaient bénéficié d’un dépistage systématique, pour les microorganismes fongiques à tropisme respiratoire, une à deux fois par semaine. Trois prélèvements microbiologiques au minimum étaient nécessaires. L’aspergillose pulmonaire associée à la COVID-19 (CAPA - Covid-19 Associated Pulmonary Aspergillosis) prouvée ou probable était définie selon les critères récents ECMM / ISHAM (European Confederation of Medical Mycology / International Society for Human and Animal Mycology). Les critères de jugement secondaires étaient les facteurs de risque de CAPA, et la mortalité associée.

Entre février et juillet 2020, 565 patients intubés pour COVID-19 étaient éligibles, dont 509 patients ayant bénéficié d’au moins trois prélèvements de dépistage pour analyse microbiologique, d’âge moyen 59,4 ans, majoritairement des hommes (79%). Tout d’abord, le nombre d’infections fongiques invasives prouvées ou probables était particulièrement élevé, jusqu’à 22% des patients. Par ailleurs, 76 (15%) patients remplissaient les critères de CAPA prouvée/probable, trente-deux (6 %) avaient une candidémie, six (1 %) une mucormycose invasive et un (< 1 %) une fusariose invasive. La mortalité globale en USI était significativement plus élevée chez les patients COVID-19 avec aspergillose (61,8%) versus sans surinfection fongique (32,1 %). Une CAPA prouvée ou probable était un facteur de risque indépendant significatif de décès (hazard ratio 1,45 ; p=0,033).

En analyse multivariée, l’âge supérieur à 62 ans (OR : 2,34 ; p = 0,0013), le traitement par dexaméthasone et anti-IL-6 (OR : 2,71 ; p = 0,027) fréquemment prescrit dans ce contexte, et la durée prolongée de ventilation mécanique (>14 jours ; OR : 2·16 ; p=0·019) étaient indépendamment associés à une CAPA prouvée ou probable.

Les résultats de cette étude sont en faveur d’une prévalence particulièrement élevée d’aspergillose invasive et de candidémie chez les patients atteints de COVID-19 sous ventilation mécanique, associée à un taux de mortalité élevé. Il semble alors indispensable de surveiller activement ces microorganismes fongiques, et d’évaluer dans des études ultérieures le bénéfice de l’instauration d’un traitement antifongique prophylactique chez ces patients à haut risque.