Effets de la transplantation de microbiote fécal sur les communautés de phages intestinaux dans un essai clinique visant à traiter l’obésité chez les adolescents

Le FMT (Fecal Microbiota Transplantation) est une intervention thérapeutique utilisée pour traiter des maladies associées au microbiome intestinal, et les phages jouent un rôle crucial dans la modulation des communautés bactériennes du microbiote. Les phages intestinaux influencent la santé humaine en modulant les communautés bactériennes du microbiote. La greffe réussie des phages du donneur est corrélée à l'efficacité du traitement par FMT. Cependant, l'effet du FMT sur les populations de phages des receveurs et, par conséquent, sur l'environnement intestinal n'est pas encore bien compris. Cette étude a permis d’investiguer les effets du FMT sur la composition du phagome des participants à l'essai Gut Bugs Trial (GBT), un essai clinique en double aveugle, randomisé et contrôlé par placebo, évaluant l'efficacité du FMT dans le traitement de l'obésité et des comorbidités chez les adolescents. Des échantillons de selles ont été prélevés chez les donneurs au moment du traitement et chez les receveurs à quatre moments différents (au début de l'étude, et à 6 semaines, 12 semaines, et 26 semaines après l'intervention). Ces échantillons ont subi un séquençage métagénomique shotgun. Les séquences de phages ont été identifiées et caractérisées in silico pour examiner les preuves de greffe des phages et évaluer l'étendue des modifications induites par le FMT dans la composition du phagome des receveurs. Les phages des donneurs se sont greffés de manière stable chez les receveurs après le FMT, constituant une proportion significative de leur phagome tout au long de l'étude (33,8 % ± 1,2 % chez les femmes et 33,9 % ± 3,7 % chez les hommes). La greffet des phages a varié entre les donneurs et son efficacité était positivement corrélée à la diversité alpha du phagome des donneurs. Le FMT a entraîné un changement dans le phagome des receveurs vers la composition des donneurs et a augmenté la diversité et la variabilité alpha du phagome au fil du temps. Le FMT a significativement modifié les populations de phages et, plus globalement, les populations microbiennes des receveurs. L'augmentation de la diversité et de la variabilité microbienne est cohérente avec un changement dans la dynamique des populations microbiennes.   Ces résultats suggèrent que les phages jouent un rôle critique dans la modulation de l'environnement intestinal et ouvrent de nouvelles perspectives pour comprendre l'efficacité du FMT dans la modification du microbiome des receveurs. Les résultats de cette étude sont importants pour le développement de nouvelles approches thérapeutiques basées sur la modulation du microbiome intestinal par les phages. Ils soulignent également la nécessité d'explorer davantage le rôle des phages dans le succès des traitements par FMT et d'autres interventions liées au microbiome.